المستودع الجمركي هو النظام الجمركي الذي يمكن من تخزين البضائع تحت المراقبة الجمركية في المحلات المعتمدة من طرف إدارة الجمارك وذلك مع وقف الحقوق والرسوم وتدابير الحظر ذات الطابع الاقتصادي.
توجه ثلاثة أصناف من المستودعات الجمركية هي:
- المستودع العمومي.
- المستودع الخاص.
- المستودع الصناعي.